История Ильинской церкви неразрывно связана с историей села Черкизово, в котором она была построена в XIV веке. Село получило своё название по его владельцу, Царевичу Золотой Орды Серкизи, после крещения ставшему Иваном Серкизовым. Иван Серкизов владел селом недолго и затем продал его такому же выходцу из Золотой Орды, Илье Озакову. Илья Озаков был крещёным татарином и весьма набожным человеком. Именно он выстроил в XIV в. в Черкизове церковь в честь своего небесного покровителя — Илии Пророка.[1]
Ильинская церковь была расположена в живописном месте, на берегу речки Сосенка. Сосенка — правый приток Хапиловки, исток её расположен в районе Гольянова, а длина всей речки почти девять километров. В настоящее время основная часть русла Сосенки заключена в трубу. Черкизовский пруд, на берегу которого по-прежнему возвышается Ильинская церковь, является одним из немногих мест, напоминающих о том, где речка ранее текла по поверхности. Сама же река течет в коллекторе вдоль восточного берега пруда.
Вместе с братом Сергеем Илья входил в число приближённых слуг святителя Алексия митрополита Московского, правившего с 1354 по 1378 годы. Митрополиту Алексию пришлось по душе живописное место и он купил в 1378году у него "сельцо Черкизово на своё серебрецо", как сказано в его духовной грамоте, т.е. на келейные деньги, и по завещанию оставил московской митрополии, во владение Чудову митрополичьему монастырю в Кремле. Позже эту куплю закрепил жалованной грамотой князь Василий Темный (1425–1462). Неслучайно в переписных книгах XVII века село Черкизово называют «чудотворца Алексия вотчиной». Впоследствии он сделал храм летней резиденцией московских патриархов. Со временем, особенно при святителе Иннокентии (Вениаминове), резиденция росла и отстраивалась.
Ильинская церковь окружена кладбищем, которое является самым древним кладбищем в Москве. Это один из редких отечественных исторических некрополей, который не был разорён в советское время. В 1861 году здесь был похоронен знаменитый московский юродивый Иван Яковлевич Корейша, которого долгое время почитали как святого.[2] О его популярности свидетельствует тот факт, что образ Корейши запечатлен в произведениях Н. С. Лескова («Маленькая ошибка») и Ф. М. Достоевского(«Бесы»). Иван Яковлевич упоминается у А. Н. Островского («Женитьба Бальзаминова»).